宝鏡寺には、光格天皇から下賜された伊勢撫子、奈良の都の八重桜、本覚院宮御命名による茶樹殿守をはじめ、多くの花や樹木があります。

春には光格天皇御命名の曙梅、有明桜、村娘、熊谷、月光といった椿、夏には宝鏡寺蓮、 また秋には本堂庭にある「一木百樹」のイロハモミジや鶴亀庭の紅葉など、四季折々の自然が息づく庭園も見どころです。